Quando, da descoberta da ilha, em 1419, se procedeu ao reconhecimento da Costa Norte, entre a Ponta de S. Lourenço e a Ponta do Pargo, os exploradores ergueram no porto desta povoação, uma cruz feita de paus retirados da ribeira. Foi este o fato que deu origem ao topónimo Porto da Cruz.

As terras do Porto da Cruz foram das primeiras a serem  desbravadas na costa Norte e foram pertença de Lançarote Teixeira, filho do primeiro Capitão – Donatário de Machico, que posteriormente as passou ao seu filho , António Teixeira, “o Rei Pequeno”.

O atual orago da paróquia é Nossa Senhora da Guadalupe, mas anteriormente esta teve como padroeira a Na Sr.a da Piedade e do Mistério da Vera Cruz.

Foi o rei D. Sebastião que elevou o Porto da Cruz a freguesia por alvará de 26 de Setembro de 1577, freguesia que, por despacho de 10 de Setembro de 1835 que criou o concelho de Santana, transferiu esta freguesia para aquele concelho.

Em virtude do decreto de 19 de Outubro de 1852 foi anexado ao concelho de Machico ao qual ainda pertence.

A 25 de Julho de 1996, foi elevada à categoria de Vila.